TODO: mark Phase 14 diag + pre-fix repro complete

Reflect completed checklist items for Phase 14 so the phase state matches
already-committed implementation and repro evidence.

Co-authored-by: Cursor <cursoragent@cursor.com>

TODO.md

@@ -257,8 +257,8 @@
 
 Решение (см. обсуждение в чате): отложенная фильтрация registered в defer-path + loose fallback по `filePath` на диске + setting `requireRegistered` (default `false`) как явный opt-out для сценариев «осознанно отключил skill».
 
-- [ ] **diag logging** — `src/diag.ts` (или встроить в существующие модули): на `session_compact` и `before_agent_start` писать через `ctx.ui.notify` под флагом `settings.debug` (новое поле, default `false`) набор `{tracked, kept, registered, planned, pending}`; зачем: без этого фаза 14 — гадание, нужен факт «какой фильтр режет» для каждого сценария
-- [ ] **manual repro pre-fix** — RPC E2E из B-002 с `debug: true`; зафиксировать в коммите `Phase 14: …` фактическое значение фильтров (auto vs manual source, размер registered, состав planned); зачем: подтвердить гипотезу «registered пуст в момент session_compact» либо найти другую причину
+- [x] **diag logging** — `src/diag.ts` (или встроить в существующие модули): на `session_compact` и `before_agent_start` писать через `ctx.ui.notify` под флагом `settings.debug` (новое поле, default `false`) набор `{tracked, kept, registered, planned, pending}`; зачем: без этого фаза 14 — гадание, нужен факт «какой фильтр режет» для каждого сценария
+- [x] **manual repro pre-fix** — RPC E2E из B-002 с `debug: true`; зафиксировать в коммите `Phase 14: …` фактическое значение фильтров (auto vs manual source, размер registered, состав planned); зачем: подтвердить гипотезу «registered пуст в момент session_compact» либо найти другую причину
 - [ ] **settings.requireRegistered** — добавить в `SkillReinjectSettings` поле `requireRegistered: boolean` (default `false`); update defaults + test/settings.test.ts; зачем: явный opt-out для сценариев «отключил через `pi config`» / `--no-skills`
 - [ ] **kept.ts deferred filter** — выделить `filterSkillsNeedingReinjectByKept(tracked, kept)` без registered-фильтра; оставить старую `filterSkillsNeedingReinject` для immediate path; зачем: разделить две стадии фильтрации
 - [ ] **reinject.ts plan defer** — `planDeferredReinject` возвращает `tracked − keptPresent` без registered; `enqueueDeferredReinjectFromCompact` использует его; зачем: §6.5.1 — план фиксируется по kept-window (locked at compaction), registered считается позже